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Le taux de reproduction se lit dans les eaux usées

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Testée à Zurich et aux Etats-Unis, la méthode a prouvé son efficacité, à condition d’analyser les eaux usées au moins trois fois par semaine (archives). (© KEYSTONE/GAETAN BALLY)

Il est possible d’estimer rapidement et à moindre coût le taux de reproduction du coronavirus à partir des eaux usées, selon une étude de l'EPFZ. La méthode pourrait également être utilisée pour d'autres pathogènes sur lesquels on ne dispose pas de données cliniques.

Depuis l’apparition du virus Sars-Cov-2 du coronavirus, nombre de mesures sanitaires ont été prises en fonction de l’évolution de la pandémie, plus précisément en fonction du taux de reproduction du virus, le fameux "R". Cette valeur indique combien de personnes, en moyenne, sont infectées par une personne contaminée. Elle traduit la dynamique de transmission de la maladie.

Actuellement, le taux de reproduction du virus est estimé à partir des informations disponibles dans la population, les données cliniques, nombre de cas positifs recensés, nombre d’hospitalisations ou encore de décès, a indiqué mercredi le Fonds national suisse (FNS) dans un communiqué.

L'équipe de Jana Huisman, post-doctorante à l’Ecole polytechnique fédérale de Zurich (EPFZ), montre dans une étude en phase de prépublication qu’il est aussi possible d’estimer de manière fiable le taux de reproduction du virus en surveillant sa présence dans les eaux usées.

Charge virale des eaux usées

Les personnes infectées excrètent le virus dans les égouts, par exemple en se brossant les dents ou en allant aux toilettes. Selon le nombre de personnes malades à un moment donné, les eaux usées contiennent plus ou moins de traces du virus.

"Nous déterminons la charge virale des eaux usées en réalisant un test semblable aux tests PCR que l’on fait sur les personnes. En fait, nous vérifions la présence de matériel génétique du virus dans les eaux usées", explique Jana Huisman, citée dans le communiqué.

Il faut ensuite passer de la charge virale au taux de reproduction du virus. C’est là qu’entre en jeu le modèle mathématique mis au point par l’équipe de scientifiques.

"A partir des mesures de la charge virale dans les eaux usées, il permet d’estimer combien de personnes sont infectées par le virus et de suivre la dynamique dans le temps", ajoute Jana Huisman. Ce qui permet d’estimer le taux de reproduction du virus.

Une méthode efficace et peu coûteuse

Testée à Zurich ainsi qu’aux Etats-Unis, la méthode a prouvé son efficacité – les valeurs R sont comparables à celles estimées avec les données cliniques – à condition d’analyser les eaux usées au moins trois fois par semaine. D’après les scientifiques, ce rythme représente un optimum en termes de précision et de coûts.

Le fait que le virus Sars-Cov-2 soit surveillé dans les eaux usées n’est pas nouveau. Mais grâce à la méthode développée par les scientifiques, il est désormais possible de traduire rapidement et à moindre coût ces mesures en une valeur directement utile pour les épidémiologistes.

"Et ce, indépendamment des données cliniques", précise Jana Huisman. Cet aspect est important. En effet, les données cliniques peuvent présenter des biais. Par exemple, les critères pour se faire tester peuvent changer, ce qui fait faussement varier le nombre de cas positifs décelés. De même, les critères d’hospitalisation ou la définition des décès liés au Covid-19 peuvent aussi changer.

Autre avantage: ce procédé permettra de continuer à surveiller le coronavirus lorsque les tests sur la population seront moins fréquents et livreront moins d’informations. Il pourrait également être utilisé pour la surveillance de pathogènes pour lesquels on ne dispose pas de données cliniques, par exemple d’autres coronavirus humains, d’entérovirus, de norovirus, de rotavirus ou même de la grippe, conclut le FNS.

Cet article a été publié automatiquement. Source : ats

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La pandémie est toujours une urgence internationale selon l'OMS

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Le directeur général de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) Tedros Adhanom Ghebreyesus n'a pas encore déclaré un terme à l'urgence internationale pour la pandémie (archives). (© KEYSTONE/SALVATORE DI NOLFI)

La pandémie liée au coronavirus reste une urgence de santé internationale. Le directeur général de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) Tedros Adhanom Ghebreyesus a suivi lundi la recommandation du comité d'urgence réuni vendredi.

Après trois ans d'urgence internationale, l'opinion des experts indépendants mandatés par l'organisation était très attendue. Dans une déclaration publiée à Genève, ceux-ci ont estimé qu'il est encore trop tôt pour considérer une réévaluation du statut de la pandémie.

L'urgence internationale est l'étape la plus élevée au sein des alertes de l'OMS. Elle permet de lancer une réponse internationale plus importante et d'étendre la collaboration entre Etats membres. Au début du Conseil exécutif de l'organisation lundi à Genève, M. Tedros a répété que "nous sommes dans une bien meilleure position qu'il y a un an". "La vaccination va rester une partie indispensable de notre approche", a-t-il insisté en réitérant son appel à immuniser tous les groupes les plus vulnérables.

De son côté, dans la déclaration publiée lundi, le comité d'urgence dit que la pandémie approche "probablement" une "étape transitoire". Selon lui, il faut avancer avec prudence durant cette période et atténuer les possibles conséquences négatives. Le nombre de victimes reste très élevé par rapport à d'autres pathologies infectieuses, a-t-il notamment déploré. Autre problème, l'arrivée de nouveaux variants plus dommageables qu'Omicron est toujours possible.

Appel lancé par la Croix-Rouge

Le comité demande désormais que l'OMS propose des mécanismes alternatifs pour maintenir une attention mondiale face au coronavirus, une fois que l'urgence internationale sera terminée. Il souhaite aussi que le secrétariat évalue les effets réglementaires pour l'autorisation de vaccins, de tests ou de médicaments en cas de diminution de l'alerte mondiale. De même, celui-ci devra décider si le coronavirus doit également être associé au dispositif de surveillance mondiale de la grippe.

Egalement lundi à Genève, la Fédération internationale des sociétés nationales de la Croix-Rouge et du Croissant-Rouge (FICR) a à nouveau appelé à anticiper la prochaine pandémie. "De nombreux pays ne sont toujours pas prêts", a dit à la presse le secrétaire général Jagan Chapagain.

L'organisation souhaite que chaque pays établisse avant la fin de l'année un plan national de préparation. Elle reprend aussi des recommandations d'autres acteurs, comme un traité international d'ici 2024 et l'augmentation de 1% du Produit intérieur brut (PIB) de chaque pays et l'effort mondial de 15 milliards de dollars par an en termes de financement de la santé d'ici 2025.

Préoccupation pour l'OMS

Les négociations pour un accord international contraignant doivent formellement démarrer fin février. Mais plusieurs composantes pourraient bloquer les discussions. "Pour atteindre un arrangement, il ne sera pas utile de mettre l'accent sur les droits de propriété intellectuelle", explique un diplomate européen.

Ce volet divise déjà depuis des années les différents pays à l'Organisation mondiale du commerce (OMC), malgré un accord historique il y a quelques mois. Les divergences portent désormais sur les tests et les diagnostics.

La pandémie a fait plus de 6,7 millions de victimes, selon les chiffres récents de l'OMS. Mais l'organisation admet que le chiffre est probablement bien plus important. Elle est inquiète de l'augmentation ces derniers mois. En revanche, le nombre de nouveaux cas semble diminuer, selon elle.

Cet article a été publié automatiquement. Source : ats

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Des millions de masques de la Confédération bientôt périmés

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La Confédération cherche des possibilités d'utilisation alternatives pour les nombreux masques qui s'entassent dans les entrepôts de la pharmacie de l'armée (image symbolique). (© KEYSTONE/GAETAN BALLY)

Durant la pandémie, la Confédération a acheté des millions de masques sanitaires. Près de 140 millions d'entre eux vont atteindre leur date de péremption en 2023. La Confédération cherche des alternatives pour éviter leur destruction.

Près de 180 millions de masques FFP2 et de masques chirurgicaux, d'une valeur d'acquisition de 130 millions de francs, s'entassent dans les entrepôts de la pharmacie de l'armée, selon des chiffres datant du 10 janvier fournis par l'armée à Keystone-ATS, confirmant une information de la SonntagsZeitung.

"Même si le matériel de protection atteint sa date de péremption, des possibilités alternatives sont recherchées pour lui donner une autre utilisation judicieuse ou, si possible, pour prolonger la date de péremption", précise l'armée. La Confédération tente par exemple de vendre les masques au prix du marché ou de les recycler.

La pharmacie de l'armée est chargée d'éliminer les masques périmés et inutilisables. Il n'y a pour l'instant pas d'estimation du nombre de masques qui devront être détruits cette année.

2,2 millions de masques éliminés

Jusqu'à présent, la Confédération a dû éliminer 2,2 millions de masques chirurgicaux et FFP2 d'une valeur de 1,13 million de francs en raison de leur date de péremption. Il s'agissait de masques prévus pour des engagements de troupes. Comme ces articles avaient déjà été livrés une fois, ils ont dû être détruits pour des raisons réglementaires, précise l'armée.

En outre, la pharmacie de l'armée a rappelé et détruit à titre préventif environ neuf millions de masques, en raison d'une suspicion de contamination par des moisissures. Il s'agissait de masques datant de l'époque de la grippe aviaire. A l'époque, environ 30 millions de masques avaient été achetés.

Selon les indications de l'armée, les masques ont en général une durée de vie de deux à cinq ans. Les matériaux sont soumis à un vieillissement naturel, si bien qu'avec le temps, les élastiques deviennent cassants et la capacité de filtration des masques équipés de filtres diminue.

Cet article a été publié automatiquement. Source : ats

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La vaccinologue Claire-Anne Siegrist prend sa retraite

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Claire-Anne Siegrist (à droite) aura dirigé pendant de nombreuses années le centre de vaccinologie des Hôpitaux universitaires genevois. (© KEYSTONE/MARTIAL TREZZINI)

Elle aura été l'une des vaccinologues à tenter de faire comprendre aux Suisses les défis de la pandémie. La professeure des Hôpitaux universitaires genevois (HUG) Claire-Anne Siegrist donne mardi une conférence pour son départ à la retraite.

Organisé par la Faculté de médecine, la réunion pourra également être vue en ligne. Parmi les hommages, un discours sera prononcé par le directeur général des HUG Bertrand Levrat.

La directrice du centre de vaccinologie de l'hôpital genevois aura régulièrement collaboré avec l'Organisation mondiale de la santé (OMS). Elle avait conseillé de 2020 à 2021 la task force nationale contre le coronavirus.

Parmi ses autres activités, Mme Siegrist a présidé la fondation mesvaccins.ch qui avait notamment piloté le site myCOVIDvac.ch. En 2021, la plateforme avait ensuite été liquidée.

Cet article a été publié automatiquement. Source : ats

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Une étude prouve l'efficacité des mesures anti-Covid en 2020

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L'étude a été dirigée par la professeure Tanja Stadler, professeure à l'EPFZ et ancienne directrice de la task force Covid de la Confédération (archives). (© KEYSTONE/PETER KLAUNZER)

Une nouvelle étude le prouve: la fermeture des frontières, le semi-confinement et le traçage des contacts ont été efficaces en Suisse pendant la pandémie. Pour arriver à cette conclusion, les chercheurs ont analysé plus de 11'000 séquences génomiques du virus en 2020.

"Il s'agissait pour l'année 2020 de l'une des plus grandes études au monde dans ce domaine. Avant la pandémie, seules quelques centaines de gènes étaient séquencés pour de telles études", déclare à Keystone-ATS Tanja Stadler, responsable de l'étude. Cette professeure à l'Ecole polytechnique fédérale de Zurich (EPFZ) était la présidente de la task force scientifique Covid-19 de la Confédération depuis août 2021, jusqu'à sa dissolution.

Selon elle, environ 90% d'infections en moins ont été importées en Suisse après la fermeture des frontières. Ces résultats suggèrent que l'évolution des infections a pu être découplée avec succès de l'étranger, écrivent les auteurs de l'étude, parue mercredi dans la célèbre revue spécialisée "Science Translational Medicine".

En outre, la durée durant laquelle les virus importés se sont maintenus au sein de la population était environ deux fois moins longue durant le semi-confinement qu'après. Durant la période de traçage efficace des contacts, le nombre de personnes infectées par une personne contaminée a été réduit de moitié en moyenne.

En revanche, les chercheurs n'ont pu démontrer aucun effet du suivi des contacts à l'automne 2020. "Nous l'expliquons par la surcharge des équipes de traçage des contacts à cette période", suggère Mme Stadler.

Code viral décrypté

Selon elle, l'avantage de l'étude est l'ampleur des données examinées. "Le fait que ces mesures étaient efficaces avait déjà été démontré auparavant dans des études qualitatives. Nous l'avons quantifié en nous basant sur des données génomiques", explique la scientifique.

Les résultats reposent sur le séquençage du génome. Le "code" d'un virus, composé de 30'000 lettres, a ainsi été décrypté. Le décodage de cette séquence de lettres - le séquençage génétique - a permis de retracer les voies d'infection.

Cet article a été publié automatiquement. Source : ats

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Le président de la commission de vaccination tire un bilan positif

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La vaccination contre le Covid chez les jeunes ne fait guère plus de différences, selon Christoph Berger (archives). (© KEYSTONE/GAETAN BALLY)

Le président de la Commission pour les vaccinations, Christoph Berger, tire un bilan positif de la stratégie menée en Suisse en matière de vaccination. "Nous avons mieux réussi que d'autres pays à convaincre les groupes à risque de se faire vacciner", déclare-t-il.

L'accent mis sur les personnes les plus vulnérables a fait ses preuves, insiste le spécialiste lundi dans une interview accordée aux titres alémaniques du groupe Tamedia.

Il n'en occulte pas moins l'existence d'effets indésirables dans certains cas. "Nous devons prendre les personnes concernées et leurs souffrances au sérieux et les aider, avance M. Berger. Mais, comme pour le Covid long, il n'existe pas de diagnostic unique. Des traitements individuels sont donc nécessaires".

Aujourd'hui encore, le bénéfice de la vaccination est plus important que le risque encouru, assure-t-il. Mais, comme la situation pandémique n'est plus menaçante, chaque personne doit décider d'elle-même si elle veut se faire vacciner ou non.

Avec le vaccin contre le Covid, c'est aujourd'hui comme avec le vaccin contre la grippe ou les tiques, selon Christoph Berger. Les personnes à risque bénéficient d'une bonne protection contre une maladie grave pendant encore quelques semaines. "Mais pour les personnes plus jeunes et en bonne santé, la vaccination ne fait plus guère de différence", indique-t-il.

Cet article a été publié automatiquement. Source : ats

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